پرونده اتمی ایران در دوره خامنه‌ای؛ باری که بر دوش نظام ماند

khamenei.com مروری است بر عملکرد ۳۱ ساله علی خامنه‌ای در کسوت رهبری. موضوع همه این گزارش‌ها «علی خامنه‌ای» یکی از مرموزترین رهبران جهان است. از زندگی شخصی خامنه‌ای کمتر چیزی گفته می‌شود و به جز پسرش «مجتبی» که در سال‌های اخیر نامش مطرح شده است، کمتر نام، تصویر و گفته‌ای از خانواده‌اش رسانه‌ای شده است. اما این ابهام راز آلود تنها مختص زندگی شخصی و خانوادگی او نیست. ۲۸ سال پس از نشستن روی کرسی بالاترین فرد نظام در جمهوری اسلامی، با انتشار چند ویدیوی کوتاه، رازی درباره رهبری او برملا و مشخص شد انتخاب او به عنوان رهبر، موقت بوده است. بنگاه‌های اقتصادی تحت نظر رهبری نیز از مرموزترین بخش‌های اقتصاد ایران هستند که عملکرد و حساب سود و زیان‌شان هیچ‌گاه شفاف نبوده است. او در سیاست هم رویه‌ای روشن و واضح در پیش نگرفته و هر جا امکانی یافته، از خودش سلب مسوولیت کرده است. سلسله مطالب khamenei.com تلاشی است برای حل معمای خامنه‌ای.

***

جمهوری اسلامی ایران در سال‌های پس از انقلاب دو رویارویی بزرگ و طولانی مدت را با غرب تجربه کرد؛ نخستین رویارویی، جنگ هشت ساله با عراق بود که طی آن، جمهوری اسلامی آن طور که مقاماتش عنوان می‌کنند، به تنهایی در مقابل «بلوک غرب و شرق» و «صدام حسین» به عنوان نوک پیکان آن ایستاد.
طی سال‌های پس از جنگ نیز با فاصله چند سال، رویارویی دوم ایران و غرب آغاز شد که در قالب برنامه هسته‌ای ظهور و بروز یافت. فرماندهی این رویارویی به طور مستقیم برعهده آیت‌الله «علی خامنه‌ای» بود.

رویارویی دوم هم‌چنان ادامه دارد و درست به مانند رویارویی اول، در تمامی عرصه‌ها، ایران را درگیر جنگی همه جانبه کرده است. در عرصه اقتصاد، ایران متحمل تحریم‌های همه جانبه و بی‌سابقه شد. در عرصه سیاست بین‌الملل، ذیل فصل هفت شورای امنیت سازمان ملل متحد قرار گرفت. در عرصه امنیتی، برنامه هسته‌ای مقدمه‌ای شد برای امنیتی سازی ایران در عرصه منطقه و جهان. در عرصه روابط بین‌الملل نیز رابطه و بده و بستان جمهوری اسلامی با بسیاری از کشورها، چه در منطقه خاورمیانه و چه در عرصه فرامنطقه‌ای، از فعالیت‌های هسته‌ای ایران تاثیر پذیرفت.

به گونه‌ای در تمامی سال‌های گذشته و حداقل طی ریاست سه رییس‌جمهوری، برنامه هسته‌ای محور فعالیت‌های سیاست خارجی ایران بود و اتفاقا بر سر این موضوع نیز هزینه‌های زیادی را متحمل شد. رویارویی که آیت‌الله خامنه‌ای فرماندهی آن را برعهده داشت، در عرصه عمل به قیمت متوقف شدن توسعه سیاسی و اقتصادی ایران تمام شد.

«محمدجواد ظریف»، وزیر امور خارجه ایران در کتاب «آقای سفیر»، در گفت‌وگو با «محمدمهدی راجی» درباره هدف ایران از دنبال کردن برنامه هسته‌ای می‌گوید: «کسانی که اطلاعات دارند، می‌دانند که ما به دنبال بمب هسته‌ای نیستیم. اما برای یک محقق این سوال ایجاد می‌شود که چه طور کشوری برای به دست آوردن یک منبع انرژی حاضر است تحریم را قبول کند؟ به همین دلیل، این محقق فکر می‌کند که ایران یک هدف امنیتی دارد و می‌خواهد بمب بسازد. در واقع، این سوء تفاهم کلی که پیش آمده، باعث شده است هر کسی از ظن خود موضوع را دنبال کند.»

آن چه ظریف در این کتاب گفته، اصل موضوع رویارویی ایران با بلوک غرب است؛ موضوعی که ایران هرگز نتوانسته است توجیهی برای آن ارایه کند. غرب هرگز نپذیرفته ایرانی که از منابع سرشار نفت و گاز برخوردار است، حقیقتا تنها به دنبال انرژی صلح‌آمیز هسته‌ای است. حتی در بازه‌ای از زمان، فتوای آیت‌الله خامنه‌ای مبنی بر حرام بودن تولید بمب هسته‌ای نیز نتوانست غرب را قانع کند. تصمیم درباره فعالیت‌های هسته‌ای ایران، تصمیم یک دولت خاص نبود. برنامه هسته‌ای ایران مستقیما زیر نظر آیت‌الله خامنه‌ای آغاز شد، پیش رفت و هم‌چنان ادامه دارد. به بیان دیگر، می‌توان گفت که این برنامه در دوران ایران پس از جنگ، با ابتکار و تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای کلید خورد. این تصمیم در حالی اتخاذ شد که در آن سال‌ها، شرکت‌هایی که قبل از انقلاب قرارداد همکاری هسته‌ای با ایران بسته بودند، از ادامه همکاری امتناع کردند و ایران نیز نتوانست در محاکم بین‌المللی آن‌ها را وادار به همکاری کند. در واقع، ایران در آن زمان به تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای پا به عرصه‌ای گذاشت که نه دانشی درباره‌اش داشت و نه شریک بین‌المللی مورد وثوقی تا بتواند از او کمک بگیرد. بنابراین، بدیهی بود که فعالیت هسته‌ای ایران رویه شبه‌زیرزمینی را در پیش بگیرد.

بین‌ سال‌های ۱۹۹۷ تا ۲۰۰۱ میلادی بود که ایران اقدام به خرید مخفیانه تجهیزات مورد نیاز تاسیسات هسته‌ای خود کرد. هدف آن، رسیدن به سطح غنی‌سازی صنعتی اورانیوم در داخل بود. اما در سال ۲۰۰۲، امریکا از اسناد و مدارکی پرده برداشت که نشان می‌داد ایران به دنبال دست‌یابی به چرخه سوخت هسته‌ای است و به این منظور تاسیساتی نیز تعبیه کرده است.

در واکنش به این گزارش، آژانس بین‌المللی انرژی اتمی وارد عمل شد و از ایران توضیح خواست. ایران نیز مجبور شد برخی از تاسیسات هسته‌ای خود نظیر تاسیسات نطنز و نیروگاه آب سنگین اراک را به آژانس اعلام کند. نتیجه این شد که «محمد البرادعی» در ماه جون سال ۲۰۰۳، در گزارشی ایران را به تخطی از «ان‌پی‌تی» متهم کرد. البته پیش از آن مذاکراتی میان ایران و سه کشور اروپایی فرانسه، آلمان و بریتانیا در جریان بود. این در حالی بود که پرونده ایران در آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز جریان داشت و آژانس نیز یک قطع‌نامه شدید‌الحن علیه ایران صادر کرده و از ایران خواسته بود غنی‌سازی را متوقف کند.

در جریان مذاکرات ایران و سه کشور اروپایی که در نتیجه آن، بیانیه‌ای موسوم به «بیانیه سعدآباد» انتشار یافت، ایران متعهد شد غنی‌سازی اورانیوم را به صورت داوطلبانه تعلیق کند و به بازرسان آژانس اجازه بازرسی از تاسیساتش را بدهد. در عوض، سه کشور اروپایی نیز متعهد شدند پرونده هسته‌ای ایران را از آژانس به شورای امنیت سازمان ملل متحد ارجاع ندهند.

مذاکرات سعد‌آباد نیز مانند مذاکرات برجام، زیر نظر مستقیم آیت‌الله خامنه‌ای انجام شدند. «حسن روحانی» در کتاب خاطرات خود نوشته است آیت‌الله خامنه‌ای خود از وی خواسته بود با پذیرفتن مسوولیت پرونده هسته‌ای، باری از روی دوش نظام بردارد.

در جریان مذاکرات سعدآباد و در خلال جلسات مذاکره، آن‌طور که برخی از مذاکره‌کنندگان اروپایی در مستندی که شبکه «بی‌بی‌سی» ساخته است گفته‌اند، حسن روحانی در میانه جلسات، مباحث را با دفتر رهبری و دفتر رییس‌جمهوری وقت در میان می‌گذاشت و کسب تکلیف می‌کرد. حتی حسن روحانی نیز در کتاب خاطرات خود به این نکته اشاره کرده است که مباحث را در تماس با دفتر رهبری به او منتقل می‌کرده است.

یک منبع آگاه نیز می‌گوید که پس از پایان مذاکرات سعد‌آباد و به هنگام امضای بیانیه مشترک، «سیدمحمد خاتمی» و حسن روحانی به دیدار آیت‌الله خامنه‌ای رفته و به او اطلاع داده بودند که کار مذاکرات تمام شده و تنها یک امضا باقی مانده است. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به آن‌ها می‌گوید اگر مطمئن هستید که این نقطه پایان مناقشه است و قرار نیست این‌ها (کشورهای اروپایی و امریکایی‌) پس از امضای این بیانیه، مساله‌ای دیگر را بهانه کنند و یک قدم جلو بیایند، امضا کنید.

آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز در دیداری که سال ۱۳۸۶ با دانشجویان «دانشگاه یزد» داشت، گریزی به مذاکرات هسته‌ای در دوران اصلاحات زده و گفته بود: «من همان وقت در جلسه مسوولین گفتم اگر چنان‌چه بخواهند به این روند مطالبه پی‌درپی ادامه بدهند، من خودم وارد میدان می‌شوم. همین کار را هم کردم. بنده گفتم که این روند عقب‌نشینی باید متوقف و تبدیل شود به روند پیش‌روی و اولین قدمش هم باید در آن دولتی انجام بگیرد که این عقب‌نشینی در آن دولت انجام گرفت و همین کار هم شد.»

به گفته محمدجواد ظریف، وزیر امور خارجه ایران، در دوران مذاکره با سه کشور اروپایی، تمام تلاش ایران این بود که ضمن حفظ تکنولوژی هسته‌ای، از ارجاع پرونده هسته‌ای به شورای امنیت جلوگیری کند. در آن زمان، ایران معتقد بود چنان‌چه پرونده‌اش از آژانس به شورای امنیت برود، دولت امریکا ابتکار عمل را به دست خواهد گرفت و در عرصه عمل، پرونده هسته‌ای ایران زیر دست پنج عضو دایم شورای امنیت قرار خواهد گرفت که هر یک از آن‌ها منافع خود را در چارچوب معادلات قدرت‌های بزرگ دنبال می‌کردند. نتیجه چنین روندی منجر به پیچیده ‌شدن پرونده هسته‌ای شد و این امکان نیز وجود داشت که قطع‌نامه‌هایی در شورای امنیت علیه ایران صادر شود.

البته برنامه هسته‌ای ایران تا قبل از سال ۱۳۸۴ و روی کار آمدن «محمود احمدی‌نژاد»، چند قطع‌نامه از شورای حکام آژانس بین‌المللی انرژی اتمی گرفت اما هرگز به شورای امنیت ارجاع نشده بود. حتی در آخرین قطع‌نامه آژانس علیه ایران که در آذرماه سال ۱۳۸۳ صادر شد، این نهاد بین‌المللی بر حقوق ایران و حتی اعمال این حقوق بدون هیچ‌گونه‌ تبعیضی تصریح کرد.

اما قرار بر این بود ایران در قبال تعلیق غنی‌سازی و پذیرش پروتکل الحاقی، امتیازاتی را نیز دریافت کند. در آن زمان، سخن از دریافت قطعات یدکی هواپیما و پذیرش ایران در سازمان تجارت جهانی بود. اما نه تنها هیچ یک از این وعده‌ها محقق نشدند بلکه تحریم‌های بیشتری نیز از سوی امریکا بر ایران اعلام شد. علاوه بر این، در مذاکراتی که پس از توافق سعدآباد میان ایران و سه کشور اروپایی انجام شده بود، اروپایی‌ها پذیرفته بودند ایران دارای تعدادی سانتریفیوژ و حق غنی سازی باشد. ولی در نهایت نتوانستند موافقت امریکا را جلب کنند.

«جک استروا»، وزیر خارجه وقت بریتانیا در کتاب خود نوشته است: «وقتی نتیجه مرضی‌الطرفین را به امریکایی‌ها ارایه کردیم، امریکایی‌ها اصلا در فاز همکاری نبودند. بنابراین سه کشور اروپایی چون می‌دانستند اگر امریکا مخالف باشد، مذاکرات به نتیجه نمی‌رسند، ‌به ایران برگشتند و به صورت غیر رسمی گفتند رییس بزرگ موافقت نکرد. در آن زمان ایران عملا چیزی از توافق با اروپایی‌ها به دست نیاورده بود اما از سوی دیگر، توانسته بود یک آبشار سانتریفیوژ را فعال کند. بنابراین تصمیم گرفت فعالیت‌های هسته‌ای را از سر بگیرد. برخلاف تصور عموم، فک پلمب تاسیسات هسته‌ای نه در دوران محمود احمدی‌نژاد بلکه در اواخر ریاست‌جمهوری سیدمحمد خاتمی انجام شد. محمدجواد ظریف نیز در کتاب آقای سفیر تصریح کرده که نامه هشت صفحه‌ای فک پلمب را خودش نوشته و برای نوشتن آن از سوی آیت‌الله خامنه‌ای تشویق نیز شده است.»

شورای امنیت، فاز تقابل هسته‌ای

از نخستین اقدامات محمود احمدی‌نژاد در دوره ریاست جمهوری، مانور بر روی فک پلمب تاسیسات هسته‌ای ایران بود. احمدی‌نژاد در تمام مدت چهارساله نخست ریاست جمهوری‌ خود سعی کرد کلیه مذاکرات دولت سیدمحمد خاتمی با اروپایی‌ها را سازش‌کاری جلوه داده و از خود چهره‌ای بسازد که برنامه هسته‌ای ایران را احیا کرده است. اصول‌گرایان نیز در دوره نخست احمدی‌نژاد کاملا از او حمایت و خط تبلیغات وی را دنبال می‌کردند. در نتیجه، مذاکره ایران با غرب بر سر برنامه هسته‌ای بیشتر شکل رویارویی به خود گرفت.

 ایران بدون توجه به هشدارهای آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، به توسعه برنامه هسته‌ای خود ادامه داد و در نتیجه پرونده ایران به شورای امنیت سازمان ملل ارجاع شد. در سال ۲۰۰۸ میلادی و در آخرین سال دولت «جورج بوش»، ایران بیش از چهار هزار سانتریفیوژ فعال در تاسیسات خود داشت و به گفته مقامات امریکایی، توانسته بود نیمی از اورانیوم غنی‌شده برای ساخت یک بمب هسته‌ای را تولید کند. از سوی دیگر، سیاست‌ خارجی بی‌پروای دولت محمود احمدی‌نژاد در قبال کشورهای عربی همسایه موجب شده بود این کشورها نیز فشار بر ایران را افزایش دهند و آن را یک تهدید هسته‌ای جلوه دهند.

علاوه بر این، محمود احمدی‌نژاد در تمامی سخنرانی‌هایش، هرجا به پرونده هسته‌ای اشاره می‌کرد، به شدت بر سیاست‌های مبتنی بر مذاکره دولت اصلاحات می‌تاخت؛ تا جایی که در یکی از سخنرانی‌هایش در بهار سال ۱۳۸۸، توافق‌نامه سعدآباد را «ننگین» توصیف کرد و گفت: «زمانی که در سعدآباد، آن توافق‌نامه یک جانبه تحمیلی و نمی‌خواهم بگویم، ولی ننگین را تنظیم کردند، با خود گفتند کار ملت ایران تمام شد. آن‌ها گفتند باید تمام فعالیت‌ها تعلیق و در آزمایشگاه‌ها بسته شود و رشته‌های دانشگاهی که مربوط به انرژی هسته‌ای هستند، در دانشگاه تعطیل شود.»

این سخنان در حالی بیان شدند که آن مذاکرات به دستور آیت‌الله خامنه‌ای و زیر نظر شخص وی انجام شده بود. اما طبق روال معمول، آیت‌الله خامنه‌ای هیچ واکنشی به این سخنان نداشت.

در نهایت، این حسن روحانی بود که پس از صبر یک هفته‌ای، به سخنان احمدی‌نژاد پاسخ داد و گفت: «متاسفانه اغلب اظهارات انتقادی در مورد دیپلماسی هسته‌ای نظام در سال‌های ۱۳۸۲ تا ۱۳۸۴ که این روزها و به بهانه رقابت‌های انتخابات ریاست جمهوری بیشتر مطرح می‌شود، نادرست، غیرمنصفانه و در مواردی هم کذب محض است.»

 اما آیت‌الله خامنه‌ای ترجیح داد در خصوص اظهارات محمود احمدی‌نژاد سکوت کند در حالی که در آن زمان به صراحت از بیانیه سعدآباد حمایت کرده بود. حسن روحانی بعدها در خرداد ۱۳۹۲، در برنامه گفت‌وگوی ویژه خبری صداوسیمای ایران در خصوص مذاکرات سعدآباد و حمایت رهبری از بیانیه سعدآباد گفت: «۱۲ روز بعد از مذاکرات تهران، رهبری فرمودند در این مذاکرات توطئه امریکا و اسرائیل شکسته شد. اگر بخواهید عین عبارت رهبری را هم می‌خوانم. این همان بد اخلاقی‌ها است که می‌گویم. این صداوسیمای شما آن قدر این بد اخلاقی‌ها را گفته است، شما هم باور کرده‌اید.»

آغاز مذاکرات مخفی میان ایران و امریکا

در نهایت و با افزایش فشارها بر ایران در دور دوم ریاست‌جمهوری محمود احمدی‌نژاد، تهران تصمیم گرفت فعالانه‌تر از گذشته پای میز مذاکره حاضر شود. دولت بوش نیز در ماه‌های پایانی کار خود نیاز داشت سابقه خوبی از سیاست‌خارجی با ایران به جای بگذارد، بنابراین پذیرفت نماینده‌ای را به مذاکرات گروه ۱+۵ با ایران اعزام کند. این چنین بود که «ویلیام برنز» به عنوان مذاکره کننده ارشد امریکا برای نخستین بار در تابستان سال ۲۰۰۸ میلادی بر سر میز مذاکره با «سعید جلیلی» نشست. جلیلی در آن زمان ریاست تیم مذاکره کننده هسته‌ای ایران را برعهده داشت. براساس آن چه که برنز در کتاب خاطرات خود نوشته است، این جلسه مذاکره به هیچ وجه خوب پیش نرفت.

برنز در کتاب خود ‌نوشته است: «جلیلی نطقی ۴۵ دقیقه‌ای درباره تاریخ و فرهنگ ایران ایراد کرد که در جای جایش به نقش سازنده ایران در منطقه تاکید شده بود. جلیلی در پایان سخنانش، برگه‌هایی از تفاهم شفاهی ایران در اختیار اعضای مذاکره کننده گذاشت. عنوان نسخه انگلیسی این برگه‌ها غلط املایی داشت. آن‌ها به جای این‌که در بالای برگه‌ها بنویسند “Non Paper”  که معنای “تفاهم شفاهی” می‌دهد، نوشته بودند “None Paper” که معنایش می‌شود “کاغذی نیست”. البته به سرعت مشخص شد که همان عنوان دوم بیشتر برازنده آن کاغذها بود. “سولانا” (مسول وقت سیاست خارجه اتحادیه اروپا) و باقی ما نگاهی سریع به متن ارایه شده انداختیم. ناگهان نماینده فرانسه آهی کشید و غرغرکنان زمزمه کرد که مزخرف است. جلیلی ناگهان چهره‌ای بهت‌زده به خود گرفت و من هم نزدیک بود از زور خنده، ژست قاطع خود را از دست بدهم.»

اما به نظر می‌رسید که احمدی‌نژاد هیچ نگرانی از بحرانی که در انتظار ایران بود، نداشت. او با توسل به برنامه هسته‌ای ایران سعی می‌کرد افکار عمومی و جامعه سیاسی ایران را دو شقه کند. در واقع، از دوران محمود احمدی‌نژاد بود که برنامه هسته‌ای ایران علاوه بر یک پرونده محل نزاع بین‌المللی، به یک موضوع اختلاف‌برانگیز میان گروه‌های سیاسی در داخل ایران نیز بدل شد. نتیجه این سیاست این بود که شورای امنیت سازمان ملل متحد قطع‌نامه‌ای علیه ایران صادر کرد و خواست غنی‌سازی اورانیوم را متوقف کند.

در آن سو، با روی کار آمدن «باراک اوباما» دموکرات در امریکا، سیاست رسمی دولت امریکا در قبال برنامه هسته‌ای ایران دست‌خوش تغییراتی شد. اوباما در ابتدا وعده مذاکره با ایران را مطرح کرد اما در عین حال بر تدوین ساختاری مستحکم از تحریم‌ها علیه ایران نیز متمرکز شد. او در ماه می سال ۲۰۰۹ میلادی نامه‌ای محرمانه و طولانی خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای نوشت و ضمن تاکید بر عزم امریکا بر ممانعت از دست‌یابی ایران به سلاح هسته‌ای و حمایت از مواضع گروه ۱+۵ در مذاکرات هسته‌ای، تاکید کرده بود که دولتش قصد تغییر رژیم در ایران را ندارد و آماده است مذاکره با ایران را آغاز کند.

آن‌طور که ویلیام برنز در کتاب خاطرات خود ‌نوشته است، پاسخ آیت‌الله خامنه‌ای به نامه اوباما اگرچه مبهم بود اما براساس استانداردهای انقلابیون ایران، لحن تند و ارعاب‌آمیزی نداشت. این گونه بود که اوباما نامه دوم را ارسال و پیشنهاد آغاز گفت‌وگوهای مخفیانه میان دو کشور را مطرح کرد.

در این میان اما تحریم‌ها علیه ایران هم‌چنان در جریان بودند. انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۸۸ و رخ‌دادها و سرکوب‌های پس از آن موجب شدند روند گفت‌وگوها با ایران متوقف شود. آیت الله خامنه‌ای پس از انتخابات سال ۱۳۸۸، بارها از سیاست امریکا علیه ایران انتقاد کرد. او در یکی از سخنرانی‌هایش به صراحت گفت که امریکا در پشت دستکش مخملی‌ خود، مشتی آهنین دارد. اشاره آیت‌الله خامنه‌ای، به گفته اوباما مبنی بر دراز کردن دست مذاکره و گفت‌وگو به سوی ایران بود.

در این میان، تحولی رخ داد که بازی را وارد فاز تازه‌ای کرد. به فاصله کوتاهی قبل از برگزاری مجمع عمومی سازمان ملل متحد در شهریور سال ۱۳۸۸، نهادهای اطلاعاتی امریکا، بریتانیا و فرانسه سایت هسته‌ای پنهانی را در کوه‌های قم کشف کردند. این سایت که بعدها ایران از آن با نام «فردو» یاد کرد، ظرفیت نصب سه هزار سانتریفیوژ را داشت. افشای این سایت موجب شد که حتی روسیه و چین نیز که معمولا موضعی در حمایت از ایران اتخاذ می‌کردند، فشار بر جمهوری اسلامی را افزایش دهند. تا این که در نهایت در بهار سال ۲۰۱۰ میلادی، «قطع‌نامه ۱۹۲۹» شورای امنیت سازمان متحد علیه ایران صادر شد و ایران تحت شدیدترین تحریم‌های نظام بین‌الملل قرار گرفت. 

دیری نپایید که آیت‌الله خامنه‌ای در مسیر آغاز مذاکرات مخفیانه با امریکا گام برداشت. علاوه بر آغاز مذاکرات مخفیانه با امریکا در عمان در دو سال پایانی دولت دوم احمدی‌نژاد، مسوولیت پرونده هسته‌ای از شورای امنیت ملی گرفته و به وزارت امور خارجه‌ای که وزیرش «علی‌اکبر صالحی» بود، سپرده شد. به این ترتیب، اختیارات سعید جلیلی به عنوان مذاکره کننده ارشد هسته‌ای ایران کاهش یافت.

ایده مذاکرات مخفیانه با ایران نیز در ابتدا از سوی عمان و «سلطان قابوس»، پادشاه این کشور مطرح شد. ویلیام برنز در کتاب گفت‌وگوهای پشت‌پرده تصریح می‌کند که سلطان قابوس در تماس با اوباما عنوان کرد که می‌تواند با مقاماتی در ایران دیدار کند که مستقیما از سوی رهبر عالی ایران اجازه داشته باشند.

در حالی که مذاکرات مخفیانه ایران و امریکا در عمان با فراز و نشیب‌های خود ادامه داشت، حسن روحانی با شعار حل پرونده هسته‌ای در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۹۲ به پیروزی رسید و بلافاصله با چراغ سبز آیت‌الله خامنه‌ای، مذاکره هسته‌ای با امریکا را آغاز کرد.

این بار مذاکره کنندگان ایران، «عباس عراقچی» و «مجید تخت روانچی» بودند. از آن‌چه که ویلیام برنز در کتابش درباره مذاکرات مخفیانه در عمان ‌نوشته است، می‌توان برداشت کرد که این دو دیپلمات ایرانی نیز کاملا ذیل دستورالعمل‌های آیت‌الله خامنه‌ای مذاکره می‌کردند.

برنز در بخشی از کتابش نوشته است: «عراقچی و روانچی اغلب درباره دشواری‌هایی که در داخل ایران با آن مواجه هستند، بسیار محافظه‌کارانه حرف می‌زدند. البته گاهی اوقات نیز می‌گفتند رهبری عالی در ایران دارند که ممکن است بگوید من که به شما گفته بودم، حالا ثابت شد که امریکایی‌ها قابل اعتماد نیستند و اوباما هم به اندازه بوش به دنبال سیاست تغییر رژیم است.»

البته آیت‌الله خامنه‌ای در طول دوران مذاکرات هسته‌ای در دولت روحانی از تیم مذاکره کننده هسته‌ای به دفاع پرداخت. او در دیدار با فرماندهان سپاه پاسداران انقلاب اسلامی که در شهریور سال ۱۳۹۲ انجام شد، از مذاکرات هسته‌ای و مذاکره با امریکا به عنوان «نرمش قهرمانانه» یاد کرد. دو ماه بعد در دیدار با دانشجویان، بار دیگر به تمجید و حمایت از تیم هسته‌ای دولت روحانی پرداخت و گفت: «هیچ‌کس نباید مذاکره‌کنندگان ما را سازش‌کار بداند. این‌ها مأموران دولت جمهوری اسلامی ایران هستند. این‌ها بچه‌های انقلابند. یک مأموریتی را دارند انجام می‌دهند… ما هم به اذن‌الله ضرری نمی‌کنیم… ما ضرری نخواهیم کرد.»
اما در عین حال بر این نکته تاکید کرد که به نتیجه مذاکرات خوش‌بین نیست.

در سال ۱۳۹۳ نیز که مذاکرات هسته‌ای برای بار چندم تمدید شد، آیت‌الله خامنه‌ای نظر موافق خود را با تمدید مذاکرات اعلام کرد و گفت: «بنده با تمدید مذاکرات مخالف نیستم، هم‌چنان‌که و به همان دلیل که با اصل مذاکرات مخالف نبودم… اگر این مذاکرات به نتیجه نرسند، آن که بیش از همه ضرر می‌کند، ما نیستیم، امریکایی‌ها هستند.»

در طول ماه‌هایی که دولت حسن روحانی در حال مذاکره با امریکا و کشورهای اروپایی برای دست‌یابی به توافق هسته‌ای بود، آیت‌الله خامنه‌ای در سخنرانی‌های متعدد، هر جا از تیم هسته‌ای حمایت کرد، در کنارش بلافاصله نسبت به حصول نتیجه ابزار بدبینی کرد. او همواره بر این نکته تاکید می‌کرد که غرب و به ویژه امریکا قابل اعتماد نیستند و او شخصا چندان نسبت به نتیجه مذاکرات خوش‌بین نیست.

رهبر جمهوری اسلامی در سخنرانی سال ۱۳۹۲ خود در دیدار با دانشجویان گفت: «البته بنده هم‌چنان که گفتم، خوش‌بین نیستم، لکن… ما از مسوولین خودمان که دارند در جبهه دیپلماسی فعالیت می‌کنند، قرص و محکم حمایت می‌کنیم.»

حتی پس از امضای «توافق ژنو» نیز آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه حسن روحانی، به احتیاط دست به قلم برد و به گونه‌ای پاسخ داد که مسیر را بر رفع مسوولیت خود هموار کند.

روحانی در نامه‌ای خطاب به آیت‌الله خامنه نوشته بود که در پی امضای توافق ژنو، ایران به حق غنی‌سازی اورانیوم و دست یافته و حقوق هسته‌ای ایران به رسمیت شناخته شده است. اما آیت‌الله خامنه‌ای بدون این که به صراحت نوشته روحانی را تایید کند، از دست‌آوردهای توصیف شده توسط روحانی با عبارت «آن‌چه که شما مرقوم داشته‌اید» یاد کرد و نوشت: «دست‌یابی به آن‌چه مرقوم داشته‌اید، در خور تقدیر و تشکر از هیات مذاکرات هسته‌ای و دیگر دست‌اندرکاران است.»

در واقع، برخی از تحلیل‌گران معتقدند لحن پاسخ آیت‌الله خامنه‌ای این معنا را به ذهن متبادر می‌کند که او تلاش کرده است در عین فرماندهی مذاکرات هسته‌ای، راه را به گونه‌ای برای خود باز بگذارد که هر زمان که لازم شد، بتواند از نتایج مذاکرات تبری بجوید.

علاوه بر این، فضای سنگین و تندی که علیه تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای، چه در طول مذاکرات و چه پس از امضای برجام وجود داشت، عمدتا ناشی از انتقادات و حملاتی بود که از سوی بخش‌هایی از نظام جمهوری مطرح می‌شدند که با واسطه یا بی‌واسطه به رهبری نظام متصل بودند. برخی فرماندهان سپاه پاسداران، ائمه جمعه منصوب آیت‌الله خامنه‌ای و برخی از چهره‌های روحانی در مجمع تشخیص مصلحت نظام و شورای نگهبان مدام از رویه تیم مذاکره کننده هسته‌ای و اصل برجام انتقاد سنگینی می‌کردند. بخشی از این جبهه حمله از سوی سعید جلیلی هدایت می‌شد؛ فردی که در دوران ریاست‌جمهوری حسن روحانی از سوی آیت‌الله خامنه‌ای به عضویت شورای راهبردی روابط خارجی منصوب شده بود. این شورا وظیفه ارایه مشورت به رهبری نظام را برعهده دارد. 

آیت‌الله خامنه‌ای همواره در خصوص پرونده هسته‌ای ایران سعی کرده ضمن در دست داشتن کنترل و اقتدار کامل، به طور نسبی از قبول مسوولیت همه تبعاتی که برنامه هسته‌ای ایران طی سالیان گذشته بر کشور تحمیل کرده است، شانه خالی کند. پرونده هسته‌ای به لحاظ ماهیتی و فرمی، یکی از فراجناحی‌ترین پرونده‌های ایران در عرصه سیاست خارجی بود. اما در دوران محمود‌ احمدی‌نژاد، این پرونده به موضوع جدال داخلی میان جناح‌های سیاسی کشور تبدیل شد. آیت‌الله خامنه‌ای ولی هرگز سخنی علیه این روند به زبان نیاورد. وانگهی، فراوانی انتقادات خامنه‌ای از جناحی که در پرونده هسته‌ای حامی تاکتیک مذاکره و گفت‌وگو بود، نشان می‌دهد که او در این پرونده اولویت اساسی خود را در ایستادگی به هر قیمتی می‌دانست. حالا هم که برجام با خروج امریکا از آن با مشکلات عدیده‌ای روبه‌رو شده است، آیت‌الله خامنه‌ای خود برجام را خسارت‌بار می‌داند، نه اقدامات امریکا را.

او یک بار به صراحت گفت: «خوش‌بختانه با این که در برجام خسارت فراوانی در این زمینه به ما وارد شد اما اصل این کار محفوظ است و کارهای خوبی هم دارد انجام می‌شود و این را دشمن نمی‌خواهد.»

خامنه‌ای که از حسن روحانی خواسته بود باری از روی دوش نظام بردارد، عملا پرونده اتمی را در دوره خود به باری بر روی دوش نظام تبدیل کرد که خودش نیز جسارت برداشتن آن را ندارد و برخلاف «روح‌الله خمینی»، راضی به نوشیدن «جام زهر» نیست.